Fundada em 1953 com o nome de “Sociedade de Proteção à Criança Excepcional” pela educadora Ester Assumpção, então Diretora do Instituto Pestalozzi, a entidade visava angariar fundos para promover melhorias naquele Instituto: carpintaria, tipografia, oficinas de tecelagem, material pedagógico e treinamento de pessoal.
Em 1962, tendo atingido as metas de aprimoramento do trabalho do Instituto Pestalozzi, a Sociedade criou a Clínica São José para oferecer tratamento de reabilitação a crianças e adolescentes portadores de deficiência mental. Anexando-se a uma escola estadual de ensino especial, implementou classes de alfabetização, reforço escolar e educação de surdos. Toda a atividade clínica era orientada para a reintegração social e profissionalização dos jovens atendidos.
Na década de 70, numa iniciativa visionária, Ester Assumpção conscientizou um grupo de pais sobre a necessidade de assegurar que no futuro, especialmente em sua velhice ou em sua falta, seus filhos excepcionais tivessem assegurado seu cuidado. Com esse objetivo foi criado o departamento de adultos da APEX, a Comunidade Ester Assumpção, com estrutura física e estatutária para promover a assistência vitalícia aos excepcionais.
Muitos dos jovens que há 30 anos vieram morar na Comunidade recém inaugurada, hoje, na terceira idade, ali permanecem desfrutando de ótima qualidade de vida, apesar de não terem mais seus pais ou ainda para a tranqüilidade daqueles que, em idade bem avançada, não teriam mais condições de lhes oferecer presencialmente os cuidados necessários.
Desde então, a Diretoria composta por pais e irmãos dos assistidos busca incansavelmente aprimorar os procedimentos e implementar estratégias para perpetuar seu objetivo.